Na podstawie regestrów poborowych z 1515 roku wiadomo, że już od jakiegoś czasu przed 1515 rokiem istniała w Pełkiniach parochia. Cerkiew drewniana została zbudowana w 1870 roku, przez księcia Adama Czartoryskiego^[1]. Cerkiew murowana pw. Świętego Mikołaja została zbudowana w 1909 roku. Parochia greko-katolicka istniała do 1945 roku i należała do dekanatu jarosławskiego.

Ludność Pełkiń została wysiedlona na Ukrainę w 1945 roku a cerkiew przejęta przez kościół rzymskokatolicki i zaadaptowana na kościół parafialny pw. Marii Panny Królowej Polski. Restaurowana w latach 1970-1980.

Obok cerkwi stoi murowana dzwonnica z lat 20. XX wieku.