Świątynia ta została wzniesiona jako niewielką, trójdzielna budowla w latach 1502 – 1510; początkowo pod wezwaniem św. Michała Archanioła. Rozwój Habury, wzrost liczby mieszkańców przyczynił się do wybudowania nowej, większej, murowanej cerkwi. Drewniana świątynia przestała być użytkowana, została sprzedana do sąsiedniej wsi Mała Polana. Tu w 1759 roku była ponownej konsekrowana, tym razem p.w. Św. Mikołaja. Po ok. 200 latach cerkiew została znów sprzedana, do czeskiego miasta Hradec Kralove, gdzie poddano ją gruntowej renowacji. Jest przykładem najstarszego nurtu budownictwa drewnianego w Karpatach, będąc jednocześnie świątynią prawosławną i pomnikiem pamięci legionistów czechosłowackich poległych w I wojnie światowej.

Po pożarze cerkwi w Komańczy w 2006 powstał projekt odbudowy miejsc kultu na pograniczu słowacko-polskim obejmujący zarówno świątynię w Komańczy jak i XVI wieczną cerkiew w Haburze. Program współfinansowany był przez Unię Europejską. Haburską cerkiew zbudowali Dušan Kantuľák i Pavol Petrík z Habury. 9 lipca 2011 zakończono rekonstrukcję cerkwi. Została konsekrowana przez greckokatolickiego arcybiskupa Ján Babjaka, metropolitę preszowskiego. 

Jest to budowla drewniana o konstrukcji zrębowej, trójdzielna, kryta gontem. Prezbiterium kwadratowe, większa nawa, babiniec ujęty słupami wieży o pochyłych ścianach. W górnej części wieży, w miejscy, gdzie często znajduje się izbica, zamiast gontów występuje pionowe deskowanie. Nad nawą i prezbiterium dachy namiotowe łamane. Wszystkie części zwieńczone jednakowymi hełmami. Wokół wieży i nawy przychata.

We wnętrzu strop belkowy nad babińcem, zrębowe kopuły nad nawą i prezbiterium, między nawą a babińcem przegroda ikonostasowa.

Dzwon Pavel podarował ambasador Rosji w Republice Słowacji P.M. Kuznecov.