Cerkiew zbudowana na miejscu poprzedniej z 1627 r. Była wielokrotnie remontowana, m.in. w roku 1926 i w latach 1963-65. Jest to cerkiew łemkowska, typ północny, schyłkowy, orientowana, drewniana, konstrukcji zrębowej. Trójdzielna: prezbiterium zamknięte trójbocznie, nawa i babiniec kwadratowe. Przy prezbiterium od pn. zakrystia, przed babińcem od frontu kruchta. Wieża konstrukcji słupowo-ramowej o pochyłych ścianach, z nadwieszoną izbicą. Słupy wieży obejmują babiniec. Wszystkie ściany obite gontem. Izbica wieży szalowana pionowym deskowaniem z blaszanym gzymsem ochronnym w połowie wysokości desek i ozdobnym gzymsem zegarowym u góry. W bocznych ścianach nawy duże, podwójne okna. Dachy kryte blachą. Nad wieżą namiotowy, nad nawą i prezbiterium kalenicowe o dwóch poziomach kalenic. Nad wszystkimi częściami duże hełmy baniaste z latarniami i żelaznymi krzyżami; każdy z krzyży inny. Zakrystia nakryta przedłużoną połacią północna dachu prezbiterium. Wnętrze nakryte stropami płaskimi z fasetami. Polichromia o motywach architektonicznych wykonana została w 1873 r. przez Victoria Zompha z Bardiowa. W trakcie prac malarskich przemalował on również stary ikonostas (został przywrócony do pierwotnego wyglądu podczas prac konserwacyjnych). Wiele elementów wyposażenia zachowało się z poprzedniej cerkwi, zbudowanej w 1627 r., m.in. ołtarzyk Ostatniej Wieczerzy z 1630 r., ikonostas z 1670 r., ambona. Pierwszy ikonostas w Boguszy pochodził z 1627 r.; kilka ikon z niego znajduje się w Muzeum Okręgowym w Nowym Sączu a fragmenty desek z rzędu Deesis wbudowane zostały w boczne ściany mensy ołtarzowej.

Obecnie ikonostas znajduje się w głębi prezbiterium i ze względu na mniejszą wysokość pomieszczenia nie zmieściły się tam wszystkie elementy ikonostasu. Rząd proroków oraz krucyfiks z Matką Bożą i św. Janem pozostał na wschodniej ścianie nawy. Nietypowy jest w ikonostasie rząd prazdników. W środku zamiast Ostatniej Wieczerzy jest Bóg Ojciec Stwórca Świata a wśród ikon świątecznych znajdują się dwa przedstawienia Mandylionu.

Teren przycerkiewny ogrodzony kamiennym murkiem z darniowa czapą. Obok cerkwi nowa, drewniana dzwonnica. Obecnie cerkiew jest użytkowana jako kościół rektoralny pw. św. Antoniego Padewskiego przy rzymskokatolickiej parafii w Królowej Górnej. Od 1999 r. rektorem w Boguszy jest ks. prałat Mieczysław Czekaj, znawca i opiekun sztuki cerkiewnej, laureat konkursu "Sądeczanin Roku 2000". Msze św. w niedziele o 8:30 i 10:30.