Cerkiew p.w. Serca Pana Jezusa w Żółkwi ufundował Stanisław Żółkiewski.
Budowa trwała ok. 80 lat (1612/1682/1690).
W latach 1901 – 1907 rozbudowano ją o kaplice boczne wg projektu lwowskiego architekta Edgara Kovatasa (rektora Politechniki Lwowskiej) w stylu bizantyńskim.
Wysokość świątyni wynosi 25 m, z kopułą 36 m.

Wybudowana została na planie krzyża. Prezbiterium zamknięte półkoliście z dobudowanymi dwoma zakrystiami. Na przecięciu nawy z szerokim transeptem wznosi się duża kopuła na okrągłym bębnie, otoczona ośmioma małymi wieżyczkami.
Półsferyczne kopuły wieńczą prezbiterium i ramiona transeptu, z którego prowadzi wejście do niewielkiej kaplicy.

Babiniec i nawa mają XVII wieczne pochodzenie, natomiast pozostałe części świątyni dobudowano w XX wieku, zmieniając jednocześnie architektoniczny wystrój całości.

Półkolisty fronton, ozdobiony mozaikami, wieńczy fasadę świątyni. Od południa prowadzi do babińca wejście z renesansowym portalem (przeniesionym tutaj podobno z żółkiewskiej fary).

W latach 1911-1935 malarz pochodzący z Huculszczyzny, prof. Julian Bucmaniuk przemalował wnętrze cerkwi w stylu ukraińskiego modernizmu. W latach 1911-1913 artysta ozdobił sklepienie bocznej kaplicy, a w latach 1931 – 35 sklepienia nawy, kopuły i prezbiterium.

Polichromie na ścianach wykonane w stylu ukraińskiej secesji, ukazują postacie biblijne staro- i nowotestamentowe, anioły i świętych o twarzach wzorowanych na współczesnych malarzowi postaciach, politykach oraz osobach historycznych.
Posadzka świątyni została wykonana w oparciu o ukraińskie hafty ludowe.
Wykończenie i wystrój cerkwi nie mają żadnych analogii na świecie.

Ikonostas z cerkwi wykonany w latach 1697-1699 przez żółkiewskiego malarza Iwana Rutkowicza, uchodzący za jedno z najcenniejszych arcydzieł sztuki unickiej, znajduje się w Muzeum Narodowym we Lwowie. Obecny ikonostas jest współczesny.

W cerkwi znajdują się relikwie świętego Parteniusza, uważanego za obrońcę i patrona Wiednia. Wcześniej cerkiew posiadała relikwie św. Jana z Suczawy, które w 1783 r. decyzją cesarza Józefa II wróciły do Suczawy. Wymieniono je na sprowadzone z Wiednia relikwie św. Parteniusza. Wspomnienie świętego przypada na koniec września i początek października.
Relikwie świętego Jana Suczawskiego sprowadził niegdyś do cerkwi, (Mołdawii do Żółkwi) metropolita suczawski Dozyteusz, pierwszy ihumen monasteru, spoczywający w podziemiach świątyni. W latach 1691-1783 cerkiew była miejscem kultu św. Jana Suczawskiego.

Po II wojnie światowej, w roku 1946 cerkiew zamieniono na magazyn. W 1952 roku przekazano ją prawosławnym. Do grekokatolików świątynia wróciła w 1990 roku.
W kolejnych latach była remontowana, podobnie jak cały zespół klasztorny.