Obecny, drewniany kościółek w Lipinach Górnych to dawna cerkiew wybudowana w 1869 roku.
Wcześniejsza świątynia była także drewniana (rozbudowana w 1798r. lub 1800r.).
Parafię rzymskokatolicką erygowano w Lipinach w 1919r.

Pierwsza wzmianka o cerkwi w Lipinach Górnych pochodzi z 1599r. Była to parafialna cerkiew grekokatolicka. W 1839r. wcielono do niej parafię grekokatolicką w Potoku Górnym. Około 1875r. świątynia została zamieniona na prawosławną, która istniała w tej formie do I wojny światowej.

źródło:
D. Kawałko. Cmentarze Województwa Zamojskiego. s 173