Obecny, drewniany kościółek w Podhorcach stoi na miejscu, dawnej cerkwi unickiej z 1749r., wystawionej przez właściciela wsi Stanisława Góździa. Cerkiew spaliła się od uderzenia pioruna w 1951 roku.

W jej miejsce mieszkańcy Podhorzec zbudowali w 1953 r. obecny kościół, znacznie mniejszy. Powstał z rozebranej i przywiezionej tu kaplicy z Miłkowa, rozbudowanej o obszerną kruchtę.

Kościół usytuowany jest na końcu wsi. Orientowany. Na cmentarzu przy kościele zachowała się stara dzwonnica typu "brogowego" z czasów budowy dawnej cerkwi.
Kościół jest drewniany, na podmurowaniu, konstrukcji wieńcowej, obustronnie oszalowany, ściany wzmocnione lisicami. Obecnie oblicowany sidingiem.

Nawa na rzucie prostokąta, przed nią obszerna kruchta o równej z nawą szerokości. Prezbiterium zamknięte trójbocznie, z obu stron zakrystie. Dachy nad kruchtą, nawą i zakrystiami dwuspadowe (kryte blachą).

Na uwagę zasługują dwa wysunięte okapy, we wschodnich narożach zakrystii i prezbiterium, tworzące obszerne zadaszenia. Okapy nawiązują do podobnych zadaszeń kościołów grupy "kraśnickiej". Poza Podhorcami grupa ta nie występuje na dawnej Zamojszczyźnie.
Na dachu kościoła niewielka wieżyczka.



źródło: J. Gorak. Kościoły drewniane Zamojszczyzny. s. 72-73.