Parafia greckokatolicka istniała w Lubaczowie od wczesnego średniowiecza. Kolejne świątynie niszczone były przez pożary i wojny. Aktualna cerkiew jest budowlą murowaną, na planie krzyża łacińskiego z kopułą na przecięciu naw. Wewnątrz znajduje się polichromia z końca XIX stulecia.
XVII-wieczny ikonostas z cerkwi został przeniesiony do katedry greckokatolickiej w Przemyślu.
Renowację polichromii w latach 80-tych wykonał P. Mamczura.

W cerkwi znajdował się kiedyś ikonostas wykonany w ostatniej ćwierci XVII wieku, prawdopodobnie dla klasztornej cerkwi bazyliańskiej w Szczepłotach koło Krakowca. Stąd, po 1788 roku (kasacja klasztoru), trafił do tutejszej cerkwi pw. św. Mikołaja (pierwotnie drewnianej, później murowanej). W 1979 roku ikonostas zdemontowano i przeniesiono do Muzeum w Lubaczowie. W 1993 roku przekazany został do Soboru Świętego Jana Chrzciciela w Przemyślu, gdzie przeprowadzono kompleksowe prace konserwatorskie przywracające mu pierwotny wygląd i świetność