Do Godkowa zostały przeniesione z inicjatywy prof. Romany Cielątkowskiej z Politechniki Gdańskiej resztki drewnianej cerkwi z Kupnej, co miało na celu uratowanie obiektu przed zniszczeniem. Pozostałości cerkwi zostały wkomponowane w świątynię powstałą z inicjatywy mieszkańców Gminy Godkowo oraz księdza Andrzeja Sroki, proboszcza grecko-katolickiej parafii w Elblągu. Rekonstrukcja rozpoczęła się w 2012 r. i zakończyła się w 2013 uroczystym nabożeństwem prowadzonym przez greckokatolickiego biskupa diecezji wrocławsko-gdańskiej Włodzimierza Juszczaka. Cerkiew została uroczyście konsekrowana 10 października 2015 przez biskupa Eugeniusza Popowicza.